В 1773 году, под давлением дворов великих католических монархов, папа римский Климент XIV упраздняет орден иезуитов.
Это приводит к тому, что Клементинум становится философским и теологическим факультетом Карло-Фердинандского университета, а также местом размещения архиепископской семинарии.
При разделении в 1882 году университета на чешский и немецкий в Клементинуме осталась чешская часть, тогда как Карлов университет отходит немецкому населению.
В Читальном зале библиотеки Клементинума с 1930 года и, по настоящее время, находится фонд Национальной библиотеки, а в восточном крыле – Национальная техническая библиотека.